Muitas pessoas pergunta isso, mas a verdade é que você só deve utilizar anti-virus no Linux caso queira identificar virus que estão instalados em pen-drives, partições e outros sistema como o Windows por exemplo ;D
Então o anti-virus funciona apenas para detectar e realizar a limpeza fora do sistema infectado, que no caso não é o Linux ;D
Faça uma pesquisa e veja qual o melhor anti-virus para você, caso contrário, não há necessidade alguma de se utilizar no Linux, pois ele consegue "enxergar" os arquivos .exe que estão localizados nos pen drives etc...
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